Når en pasient kommer til en naprapat for første gang innledes besøket med en anamnese. For å finne årsaken til pasientens smerter er det viktig å foreta en gjennomgang av pasientens sykdomshistorie og livssituasjon. Deretter foretas det en rekke kliniske tester for å finne årsaken til smerten. Naprapaten stadfester hvilke strukturer som er påvirket, og om det foreligger nevrologiske eller sirkulatoriske forstyrrelser. Vonde rygger og nakker den vanligste årsaken til at pasienter søker hjelp, men naprapater behandler alle typer akutte og kroniske plager som er relatert til muskler, sener og skjelett.
Behandling av idrettskader og forebygging innenfor idrettsmiljøer er også et viktig arbeidsområde for naprapatene. Flere idrettsforeninger, klubber og lag er tilknyttet eller benytter naprapater til behandling og forebyggende tiltak, med godt resultat.